טיפול באמצעות בע"ח הינה דרך אלטרנטיבית וזרם מרכזי ברפואה הטבעית. הטיפול באמצעות בע"ח משתמש במגוון שיטות טיפוליות, כולל תזונה, צמחי מרפא, תרגולים פיזיותרפיים, טיפולי מגע וטכניקות של רפואת הנפש. השימוש בבע"ח ככלי טיפולי נפוצה מאוד בקרב טיפולים בילדים. בעלי חיים שונים יכולים להיות עזרה לאנשים בצורה רבה ומגוונת, ולכן טיפול באמצעות בע"ח יכול להיות מתאים למגוון רחב של בעלי חיים כמו כלבים, חתולים, סוסים, ציפורים, דגים וכו'. במהלך הטיפול, הבעלים והבעל החיים שלו נחקרים על מנת לזהות את הסיבה לבעיות הרפואיות או ההתנהגותיות של הבעל החיים. תזונה תקינה וטיפולים צמחיים יכולים להיות חלק מהטיפול כדי לסייע לבעל החיים להתאושש. תרגולים פיזיותרפיים וטיפולי מגע יכולים גם להיות חלק מהטיפול לסייע לבעל החיים להתאושש מפציעות או לטפל בבעיות מתח או כאב. המטרה העיקרית של טיפול באמצעות בע"ח היא לטפל בקושי רגשי שהילד חווה ובמטרה לייצר כישורים ויכולות באמצעות החיבורים עם בע"ח.